آسیب کبدی (مقاله رایگان pdf)

 با اینکه بسیار نادر هستند اما DILI یک شرایط جدی به شمار می آید، هم برای شخص بیمار که در معرض نارسانی حاد کبد قرار میگیرد و هم برای صنعت داروسازی و نهادهای نظارتی که مسئول رسیدگی و نظارت بر توسعه و پیشبرد علوم داروسازی هستند. چنین نهادهایی هستند که باید در صورت نیاز اطلاعات و عوارض جانبی را اطلاع دهند و یا پس از عرضه داروهای زبان بار را از بازار جمع آوری نمایند. محدودیتی جدی در تشخیص و پیش بینی بروز عارضه DILI نبود نشانگرهای زیستی مشخص است. علارغم استفاده گسترده از نشانگرهای زیستی رایج در DILI، هنوز هم تشخیص صحیح و قابل اتکا بسیار دشوار است. این محدودیت ها نیاز به ایجاد نشانگرهای زیستی حساس و دقیقتر برای نشانگرهای زیستی DILI را افزایش داده است. این نشانگرهای زیستی میتوانند تشخیص و پیش بینی و روند درمانی بیماری DILI را ارتقا بخشند. تا امروز چندین نشانگر زیستی قابل توجه برای عارضه DILI معرفی شده اند که از جمله آنها نشانگرهای زیستی مبتنی بر مکانیستیک، برای مثال گلوتامات دهیدروژناز، پروتئین با دسته بندی جابه¬جایی 1 و کراتین-18، که میتواند اطلاعاتی در رابطه با ماکنیزم آسیب عوامل مسبب مختلف ارائه نماید. علاوه بر اینها، میکرو RNA ها هم به عنوان کاندیدهای نشانگر زیستی DILI غیر تهاجمی، با پتانسیل بالا توجهات بسیاری را به سوی خود جلب کرده اند، اللخصوص miR-122. پیشرفت های حاصل شده در تکنولوژی « omics» هم رویکردی جدید در مطالعات نشانگرهای زیستی ایجاد کرده است. قابلیت مشاهده تعداد بالایی از مولکول ها (برای مثال متابولیت ها، پروتئین و یا DNA) به طور همزمان تشخیص «میزان سمی بودن » را ممکن میسازد که به نوبه خود در ارزیابی های ایمنی و تشخیص بیماری کمک شایان توجهی به شمار میرود. از طرف دیگر مطالعات Omics محور هم میتوانند اطلاعاتی درباره مکانیزمهای ضمنی فرمهای مختلف از عارضه DILI را در راستای سهولت در تشخیص نشانگرهای زیستی معایناتی در مراحل ابتدایی عارضه و پیاده سازی ایمن تر داروهای شخصی سازه شده فراهم نمایند. در این مقاله علمی پیشرفتهای اخیر در حوزه مطالعات نشانگرهای زیستی DILI را مورد بررسی قرار داده ایم.

سلول های سرطانی (مقاله رایگان pdf)

چکیده

           ترکیبات گیاهی طبیعی به عنوان راهکار درمان جایگزین در درمان سرطان به طور گسترده ای معرفی شده اند. علیرغم فعالیت ضد سرطانی کورکومین، کاربرد بالینی آن به دلیل حلالیت آب کم و کمبود بیوپسی بودن محدود شده است. در این مطالعه، یک روش جدید برای کمک به اولتراسونیک برای سنتز نانو ذرات تراتلیوفسفات کیتوزان-آلژینات سدیم تربلی پلی فسفات NP-CS-ALG-STPP) ) از کورکومین طراحی شده است. علاوه بر این، اثرات ضد تومور نیکل کورکومین بارگذاری شده در محیط آزمایشگاهی مورد بررسی قرار گرفت. برای مشخص کردن خصوصیات NP ها از میکروسکوپ الکترونی (FE-SEM) و میکروسکوپ نیروی اتمی  (AFM) استفاده شد. فعالیت ضد تومور NP های پرشده با کورکومین با استفاده از MTT و واکنش زنجیره ای پلی مراز در زمان واقعی (qRT-PCR) مورد بررسی قرار گرفت. داده های FE-SEM و AFM مورفولوژی کروی را نشان دادند و اندازه متوسط NP ها 50 نانومتر بود. آزمایش سیتوتوکسی سیتی درون آزمایشگاهی نشان داد که کورکومین CS-ALG-STPP NP دارای فعالیت ضد توموری قابل توجهی در مقایسه با کورکومین آزاد بود. تجزیه و تحلیل سطح حالت ژن نشان داد که NP های کورکومین به طور قابل توجهی حالت ژن آپوپتوزی را افزایش داد. به طور خلاصه، نتایج ما نشان می دهد که پروتئین های کرکومین به طور قابل توجهی تکثیر را سرکوب کرده و القاء آپوپتوز را در سلول های سرطانی اپیتلیویید سرویکس انسانی ایجاد می کند که ممکن است به عنوان یک راهکار جایگزین برای درمان سرطان در نظر گرفته شود.

کانال های یونی نفوذپذیر (مقاله رایگان pdf)

چکیده

       تشخیص و پردازش محرکهای درد در نورون های حسی آوران ، بطور زیادی به طیف وسیعی از انواع مختلف کانال های یونی ولتاژی و لیگاندی دریچه دار از جمله کانالهای سدیم، کلسیم و TRP وابسته است. عملکرد این کانال ها شامل تشخیص محرک های شیمیایی و مکانیکی، تولید پتانسیل عمل و تنظیم الگوهای شلیک عصبی، آغاز رهاسازی نوروترنسمیترها در سیناپس شاخ پشتی، و متعاقب آن فعال شدن نورون های طناب نخاعی که این پروژه را به مرکز درد در مغز منتقل می کنند. تصور می شود تغییرات طولانی مدت در بیان و عملکرد کانالهای یونی، در مناطق درد مزمن شرکت می کنند. بسیاری از کانالهای درگیر در مسیرهای آوران درد به یون های کلسیم نفوذپذیر هستند، که این نشان دهنده ی نقش آن در سیگنالینگ سلولی در تولید فعالیت الکتریکی است. در این مقاله، مرور گسترده ای بر کانال های یونی مختلف نفوذپذیر به کلسیم، در مسیرهای مختلف درد و نقش آنها در پاتوفیزیولوژی درد را ارائه داده ایم. 

مهندسی بافت کلیه (مقاله رایگان pdf)

چکیده

        با وجود شور و شوق برای مهندسی زیستی پیوند زدن بافت های عملکردی کلیه، موانع بسیاری قبل از تحقق پتانسیل این فن آوری در یک محیط بالینی باقی مانده است. استراتژی های مهندسی بافت زنده برای کلیه به شناسایی جمعیت های سلولی لازم، داربست های کارآمد و شرایط کشت سه بعدی برای توسعه و حمایت از معماری منحصر به فرد و عملکرد فیزیولوژیکی این عضو حیاتی نیاز دارد. مطالعات ما قبلا نشان داده اند که بخش سلول زدایی شده کلیه های میمون رزوس در همه گروه های سنی, یک ماتریکس خارج سلولی طبیعی (ECM) را با خواص ساختاری کافی با تاثیرات فضایی و سازمانی روی مهاجرت و تمایز سلول های بنیادی جنینی انسان (hESC) را ارائه می دهند. برای بررسی بیشتر استفاده از داربست های کلیه طبیعی غیرسلولی شده برای مهندسی بافت کلیوی، hESC پرتوان به طور کلی یا روی بخش های ECM کلیه و مهاجرت سلولی و فنوتیپ در مقایسه با روش های تمایز تعیین شده برای hESC کشت داده شدند. نتایج qPCR و تجزیه و تحلیل های ایمونوهیستوشیمی, تنظیم مثبت نشانگرهای سویه کلیوی را نشان داد, زمانی که hESC بدون سیتوکین یا تحریک فاکتور رشد در داربست های غیرسلولی شده کشت داده شدند، که نقش ECM در جهت دهی به تمایز سویهکلیوی را نشان می دهد. hESC نیز با فاکتورهای رشد متمایز شد و در هنگام کاشت روی ECM کلیوی یا یک داربست پلی ساکارید جدید بیولوژیکی بی اثر برای بلوغ بیشتر مقایسه شد. نشانگرهای سویه کلیوی به تدریج در طول زمان روی هر دوی داربست ها تنظیم مثبت شدند و نشان داده شد که hESC, ژن های امضای ساز کلیوی، توبول پروگزیمال، اندوتلیال، و جمعیت های مجرای جمع آوری را بیان می کند. این یافته ها نشان می دهند که داربست های طبیعی, بیان نشانگرهای سویه کلیوی را به خصوص در مقایسه با کشت جنینی بدن ارتقا می دهند. نتایج این مطالعات نشاندهنده قابلیت های یک داربست پلی ساکارید جدید برای کمک به تعریف یک پروتکل برای تمایز جد کلیه از hESC، و پیشرفت وعده مهندسی بافت به عنوان یک منبع از بافت عملکردی کلیه است.

حمل و نقل در سیتوپلاسم (مقاله رایگان pdf)

خلاصه

          عملکرد مناسب اندامکهای یوکاریوتی تا حد زیادی وابسته به بسته بندی خاص پروتئین های حمل و نقل در داخل کیسه های کوچک تحویل گذرا است. مسیر هدف یابی سیتوپلاسم به واکوئل (CVT)، مسیر ترافیک مربوط به اتوفاژی (مکانیزم اصلی کاتابولیک شامل تخریب سلول یا اجزای سلولی بدون وظیفه) است که پروتئین ها، aminopeptidase I و αmannosidase را حمل و نقل می کند، به طور انتخابی از سیتوپلاسم به واکوئل شبه-لیزوزوم مخمر حمل و نقل می شود. این مطالعه، یک مکانیسم مولکولی برای حمل و نقل ویژگی در این مسیر شامل چهار مرحله مجزا را روشن می کند. گیرنده Cvt19، نقش مرکزی را در این فرایند ایفا می کند: حوزه های مجزا در Cvt19، پروتئین محموله چندپاره شده را شناسایی می کند و آنها را به ماشین آلات تشکیل کیسه های کوچک از طریق تعامل با Cvt9 و Aut7 ارتباط می دهد. از آنجا که اتوفاژی (مکانیزم اصلی کاتابولیک شامل تخریب سلول یا اجزای سلولی بدون وظیفه)، مکانیسم اولیه برای گردش ارگان سلولی است، این نتایج، بینشی را به فرایندهای فیزیولوژیکی در هموستاز سلولی، از جمله بسته بندی خاص اندامکهای آسیب دیده و یا اضافی برای تحویل لیزوزومی و تجزیه بحرانی ارائه می دهد.

ردیابی چندگانه‌ بهینه جهش (مقاله رایگان pdf)

چکیده

          تعیین وضعیت جهش‌یافته بودن یا نبودن KRAS در نمونه‌های توموری اهمیت بنیادینی در مدیریت بیماران مبتلا به سرطان ریه یا سرطان روده‌ی بزرگ دارد؛ چرا که این جهش‌ها مانع درمان با آنتی‌بادی‌های مونوکلونال گیرنده‌های فاکتورهای رشد اپیدرمی (EGFR) می‌شوند. در این پژوهش، روش PCR کمّی مخصوص برای الل چندگانه، سریع و ارزان‌قیمتی را گزارش می‌دهیم که می‌تواند هفت جهش اصلی و مرتبط با مسائل بالینی در KRAS را شناسایی و همزمان، ژن‌های KRAS جهش‌نیافته را در سلول‌های توموری و بافت‌های بیماران سرطان روده‌ی بزرگ تکثیر کند. نمونه‌های مثبت در تست‌های چندگانه تحت تحلیل‌های مخصوص برای الل قرار گرفتند تا جهش هر کدام به طور خاص بررسی شود. DNA مرجع سرطان‌های انسانی اعم از G12A، G12C، G12D، G12R، G12S، G12V و G13D اختصاصی بودن تست را با =<۱٪ حساسیت الل‌های جهش‌یافته تأیید کردند. همچنین، کاربردی بودن تحلیل چندگانه‌ی جهش‌های KRAS با انجام آزمایش‌های جاسازی پارافین فیکس‌شده توسط فرمالین (FFPE) بر روی بیوپسی‌های سرطان روده‌ی بزرگ نشان داده شد. در نتیجه، تکثیر همزمان DNA جهش‌نیافته منجر به حذف داده‌های منفی کاذب از نمونه‌های تخریب‌شده می‌شود. همچنین، نتایج این روش مقرون‌به‌صرفه با نتایج حاصل از توالی‌یابی DNA در بافت‌های FFPE هم‌خوانی دارد، اما در حالتی که غلظت‌های DNA محدود هستند، حساسیت بالاتری دارد.

تکامل سلول گیاهی (مقاله رایگان pdf)

         ویروسها موجوداتی اجبارا-همزیست هستند که برای تکمیل چرخه زندگیشان، تعامل تنگاتنگی با میزبانشان دارند. هر سلول آلوده، با انباشتگی محصولات و فعالیتهای ویروسی مواجه است که تکامل یافته اند تا از تکثیر و گسترش ویروس در زمینه عملکردها و واکنشهای دفاعی سلول میزبان حمایت کنند. ویروس موزائیک توتون، پروتئینهای همانند ساز (رپلیکاز) و پروتئین پوششی را به منظور همانند سازی و حمایت از ژنوم RNA، و نیز پروتئین حرکتی (MP)  را که به RNA متصل شده و محدوده اندازه خروجی پلاسمودسماتا را به منظور تسهیل گسترش RNA ژنومی ویروسی (vRNA) دستکاری می کند، کد گذاری می نماید. پروتئین حرکتی و رپلیکاز نیز در سیستم خاموش سازی RNA سلولی که بر بیان و رشد ژن گیاهی اثر می گذارد، دخالت می کنند. بعلاوه، سلولهای آلوده به ویروس، محرک ایجاد یک سیگنال سیستماتیک پیشایش، د بخش جلویی ویروس هستند که موجب تحریک نوترکیبی ژنومی شده و منجر به تغییرات ژنتیکی قابل توارث می شوند. بنابراین، ویروس ها می توانند از طریق تعاملات مولکولی گوناگون، با میزبانشان کنش و واکنش داشته باشند. با در نظر گرفتن میزان بالای جهش ویروسها، این تعاملات دلالت بر فرایندها و تطابقات تکاملی در رابطه ی ویروس-میزبان که می توانند بر تکامل یوکاریوتی اثر بگذارند، دارند.

تفکیک غشای سلولی (مقاله رایگان pdf)

خلاصه

       بسیاری از فرایندهای مرتبط با غشاء سلولی نیازمند جدایی فضا-زمانی گذرای اجزاء در اندازه هایی در مقیاس مولکول های جفت شده تا میکرومتر هستند. درک این فرایندها نیازمند درک چگونگی خود-سازماندهی لیپیدها و پروتیین ها و  میانکنش آنها با کورتکس سلول است. در اینجا ما پیشرفت های اخیر کالبدشکافی مکانیسم های تشکیل غشاء سلولی را مرور می کنیم. ما به چالش های موجود در مطالعه ی سازماندهی غشاء سلولی ،در ک فعلی از خود- سازماندهی غشاء سلولی برای تشکیل دومین های گذرا و نقش داربست پروتیینی در سازماندهی غشاء سلولی اشاره می کنیم. ما درباره ی دومین های پیام رسانی به عنوان یک نمونه ی مهم از تشکیل غشاء گذرا بحث می کنیم . ما با اشاره به محدودیت های موجود برای اندازه گیری سازماندهی غشاء در سلولهای زنده و قدم هایی که برای پیشرفت این رشته لازم هستند نتیجه گیری خواهیم کرد. 

نمادهای گرافیکی (مقاله رایگان pdf)

       نمودارهای مداری و نمودار زبان مدل‌سازی یکپارچه دو نمونه از زبان تصویری استاندارد هستند که به تسهیل انجام کارها با ترویج قانونمندی، حذف ابهام و استفاده از حمایت ابزار نرم‌افزاری برای تبادل اطلاعات پیچیده کمک می‌کنند. درواقع زیست‌شناسی بااینکه دارای بیشترین حجم اطلاعات نموداری نسبت به اطلاعات نوشتاری است همچنان فاقد نمادهای گرافیکی استاندارد است. سیل اخیر دانش زیست‌شناسی این نقص را موردتوجه بیشتری قرار داده است. برای نیل به این هدف ما به ارائه سیستم نمادهای گرافیکی زیست‌شناسی (SBGN) می‌پردازیم، یک‌زبان تصویری که توسط جامعه بیوشیمی، طراحان و دانشمندان علوم رایانه فراهم‌شده است.SBGN شامل سه زبان تکمیلی است: نمودار فرایند، نمودار رابطه موجود و نمودار جریان فعالیت. این سه مورد به دانشمندان این امکان را می‌دهد که شبکه‌ای از تراکنش‌های شیمیایی را درروشی استاندارد و بدون ابهام نشان دهند. ما معتقدیم که SBGN یک نمایش درست و مؤثر، تجسم، ذخیره‌سازی، تبادل و استفاده مجدد از اطلاعات را در تمامی انواع دانش زیست‌شناسی از تنظیم ژن گرفته تا متابولیسم و علائم سلولی را ترویج می‌کند.

سرطان تخمدان (مقاله رایگان pdf)

چکیده

        سرطان تخمدان اولین دلیل ایجاد سرطان های مرگ آور زنان و زایمان است. برای شناسایی ژن های کلیدی و microRNA ها در سرطان تخمدان، مجموعه اطلاعات میکرواری mRNA، GSE36668,، GSE18520، GSE14407 و مجموعه اطلاعات microRNA GSE47841 از بیان ژن مجموعه اطلاعات Omnibus دانلود شده است. ژن های بیان شده DEG2  و میکروRna های (DEMs) با استفاده از GEO2R حاصل شدند. آنالیزهای عملکردی و غنی سازی مسیر برای DEGs با استفاده ازاطلاعات  DAVID انجام شده است. برهمکنش شبکه پروتئین-پروتئین (PPI) توسط STRING انجام گرفت و توسط سیوسکوپ قابل دیدن شد. آنالیز بقای کلی (OS) ژن های قطبی با ابزار آنلاین Kaplan–Meier انجام شد. انالیز واحد شبکه PPI با استفاده از MCODE انجام گرفت. علاوه برآن miRecord برای پیشگویی هدف DEMS اجرا شد. نهایتا تعداد 345 DEMS تامین شد عمدتا با فرآیند سیکل سلولی، میتوز و تخمک گذاری در ارتباطند. یک شبکه PPI ، متشکل از 141 گره¬ و 269 edge  ساخته شد. 16 تا از ژن ها درجه های بالایی در شبکه دارند. بیان بالا چهار ژن از 16 ژن با OS بیماران مبتلا به سرطان تخمدان، شامل CCNB1، CENPF، KIF11 و ZWINT مرتبط است. واحد قابل توجه از شبکه PPI کشف شده است. عملکردها و مسیرهای غنی شده شامل سیکل سلولی، تقسیم هسته و میتوز اووسیت است. به علاوه، مجموع 36 DEMs شناسایی شدند. بیان KIF11 به طور منفی با miR-424 و has-miR-381 ارتباط دارد و این همچنین یک هدف بالقوه microRNA ها است. در نتیجه، این ژن های کلیدی که میتوانند هدف های بالقوه برای تشخیص و درمان سرطان تخمدان را فراهم کنند، یافت میشود.