نمودارهای مداری و نمودار زبان مدل‌سازی یکپارچه دو نمونه از زبان تصویری استاندارد هستند که به تسهیل انجام کارها با ترویج قانونمندی، حذف ابهام و استفاده از حمایت ابزار نرم‌افزاری برای تبادل اطلاعات پیچیده کمک می‌کنند. درواقع زیست‌شناسی بااینکه دارای بیشترین حجم اطلاعات نموداری نسبت به اطلاعات نوشتاری است همچنان فاقد نمادهای گرافیکی استاندارد است. سیل اخیر دانش زیست‌شناسی این نقص را موردتوجه بیشتری قرار داده است. برای نیل به این هدف ما به ارائه سیستم نمادهای گرافیکی زیست‌شناسی (SBGN) می‌پردازیم، یک‌زبان تصویری که توسط جامعه بیوشیمی، طراحان و دانشمندان علوم رایانه فراهم‌شده است.SBGN شامل سه زبان تکمیلی است: نمودار فرایند، نمودار رابطه موجود و نمودار جریان فعالیت. این سه مورد به دانشمندان این امکان را می‌دهد که شبکه‌ای از تراکنش‌های شیمیایی را درروشی استاندارد و بدون ابهام نشان دهند. ما معتقدیم که SBGN یک نمایش درست و مؤثر، تجسم، ذخیره‌سازی، تبادل و استفاده مجدد از اطلاعات را در تمامی انواع دانش زیست‌شناسی از تنظیم ژن گرفته تا متابولیسم و علائم سلولی را ترویج می‌کند.
ناپلئون بناپارت می‌گوید یک طرح خوب بهتر از یک سخنرانی طولانی است. چنین ادعایی مصداق خود را جایی بهتر از تصاویر فنی نشان نخواهد داد. نمودارها در ماهیت ریشه در قوای شناختی ذاتی ما دارند که انسان‌ها از زمانی پیش از نگاره‌های نیاکانمان در غارها نیز دارای آن بوده‌اند. جای شگفتی نیست که ما در هر زمینه‌ای که تلاش می‌کنیم بازهم به سراغ نمودارها می‌رویم. این قضیه در مورد زبان‌های نوشتاری انسان نیز صدق می‌کند، ارتباط برقرار کردن شامل نگاره‌هایی است که لازمه‌اش آن است که هم نویسنده و هم خواننده درباره نمادها، قوانین ترتیب قرار گرفتنشان و تفسیر نتایج باهم به توافق رسیده باشند. ایجاد و استفاده گسترده از نمادهای استاندارد به بسیاری از رشته‌ها امکان داده که پیشرفت کنند. به‌سختی می‌توان تصور کرد که صنعت الکترونیک امروزی با ابزارهای خودکار و قدرتمندش که بر اساس تصویر طراحی‌شده‌اند فاقد نمادهای استاندارد اولیه در نمودارهای مداری باشد. چنین چیزی در زیست‌شناسی اهمیتی نداشت. در زیست‌شناسی برخلاف ماهیت تصویری بیشتر اطلاعات تبادلی، این رشته هم چنان تحت نفوذ نمادهای گرافیکی تک موردی بود که در میان پژوهشگران، انتشارات، کتاب‌ها و برنامه‌های نرم‌افزاری نقاط اشتراک کمی داشتند. هیچ زبان تصویری استانداردی برای توصیف شبکه‌های تراکنش بیو شیمیایی، علائم درون ـ و برون سلولی، تنظیم ژن‌ها ـ مفاهیمی که هسته مرکزی پژوهش‌های امروزی درزمینه مولکولی، سیستم‌ها و ترکیب زیستی هستند، وجود نداشت. درواقع، نزدیک‌ترین نماد به شکل استاندارد که مدت‌های طولانی در بسیاری از نقشه‌های مسیریابی علائم و متابولیک استفاده می‌شد، فاقد انسجام بین منابع بود و شامل ابهامات نامطلوبی نیز بود (شکل 1). به‌علاوه این نمایش‌های تجربی موجود بااینکه خوش‌ساخت بودند اما مبهم بودند و فقط برای نیازهای خاص مناسب بودند مانند نشان دادن شبکه متابولیک یا مسیرهای علائم یا تنظیم ژن‌ها.
عصر زیست‌شناسی مولکولی، و اخیراً با ظهور ژنومی و سایر فناوری‌های توان ـ بالا منجر به افزایش سرسام‌آور داده‌هایی شده است که نیاز به تفسیر دارند. استفاده از نرم‌افزارها برای کمک به فرمول‌بندی فرضیه‌ها، طراحی آزمایش‌ها و تفسیر نتایج نیز مطلوب همه است. ما به‌عنوان گروهی از جامعه بیوشیمی، طراحان و دانشمندان رایانه که بر روی سیستم‌های زیستی کار می‌کنند معتقدیم که ایجاد نمادهای گرافیکی استاندارد گامی مهم در جهت انتقال صحیح و مؤثر دانش زیست‌شناسی در بین جوامع مختلف خواهد بود. برای نیل به این منظور ما پروژه SBGN را از سال 2005 باهدف توسعه و استانداردسازی نمادهای گرافیکی نظام‌مند و روشن برای کاربرد در سیستم‌های زیستی و مولکولی آغاز کردیم.
این مقاله در نشریه Nature منتشر شده و ترجمه آن با عنوان نمادهای گرافیکی در سایت ای ترجمه به صورت رایگان قابل دانلود می باشد. جهت دانلود رایگان مقاله فارسی و انگلیسی روی عنوان فارسی (آبی رنگ) کلیک نمایید.
منبع:
