عنوان فارسی مقاله:

بررسی روش های رایج همتراز سازی توالی ها: نشانه های افزایش پایایی
عنوان انگلیسی مقاله:

Review of Common Sequence Alignment Methods: Clues to Enhance Reliability


برای دانلود رایگان مقاله انگلیسی بررسی روش های رایج همتراز سازی توالی ها: نشانه های افزایش پایایی و خرید ترجمه فارسی آن با فرمت ورد اینجا کلیک نمایید

 





نمونه متن ترجمه

چکیده

امروزه هم‌ترازسازی توالی‌ها در جوانب مختلف زیست‌شناسی مولکولی به یک ابزار ضروری برای بررسی روابط ساختاری و کارکردی پروتئین‌ها تبدیل شده است. هم‌ترازسازی با افزایش چشمگیر شمار توالی‌های موجود، بخش زیادی از اطلاعات را با روش‌های محاسباتی مختلف ارائه می‌نماید. این روش‌ها همانند مهندسی پروتئین و جهش‌زایی محلی در کل به ابزاری تعیین‌کننده برای پیشبرد فرضیه‌های عملی در کار زمانبر محیطی بدل گردیده است. با این حال، ظرفیت بهبود روش‌های هم‌ترازسازی به میزان زیادی محفوظ می‌ماند. تمام روش‌ها به طرز چشمگیری در منطقه مرکزی محدود می‌شود، در حالیکه حدود 25 درصد همسانی بین توالی‌های جفتی اتفاق می‌افتد. نسبت بسیار بالای نتایج مثبت غلط بدست آمده بوسیله‌ی اکثر الگوریتم‌ها بسته به پارامترهای تجربی و هم‌چنین دشواری تأیید براساس شاخص‌های آماری بسیار نگران‌کننده است.

در این مقاله توجه مخاطب پس از بررسی روش های اصلی به موضوع محدود شدن کامل ارزیابی‌های عمکرد الگوریتم به ارزیابی توان (حساسیت) هم‌ترازسازی جلب می‌شود. پیرو صحت مفروضی که براساس هم‌ترازسازی ساختارهای مشخص تعریف شده است، توان هم‌ترازسازی به عنوان نسبت صحت بازگشتی به راه‌حل تعیین می‌شود. این توان بواسطه‌ی کمبود دسته‌های جداگانه توالی‌های با ارتباط کم ممکن است بیش از حد برآورد شود و مقدار آن کاملاً به شاخص بکار رفته برای تعیین صحت مورد نظر بستگی دارد. از سوی دیگر، اطمینان (به‌گزینی) نسبت صحت راه‌حل مورد نظر را نشان می‌دهد. ضریب اطمینان بسته به روش و پارامترهای بکار رفته ممکن است بسیار پایین‌تر از توان باشد و معمولاً مورد ارزیابی قرار نمی‌گیرد. در هم‌ترازسازی‌های قابل توجه، وقتی توان بالا باشد، ضریب اطمینان پایین می‌آید؛ به عبارتی، محل هایی که به درستی هم‌تراز شده‌اند با نواحی‌ بزرگی که به درستی هم‌ترازسازی در آن‌ها صورت نگرفته است جایگزین می‌شوند.

راه‌حل عملی این مسائل این است که از اتفاق آراء درباره‌ی روش‌های هم‌ترازسازی چندگانه کمک بگیریم که در نتیجه‌ی آن اطمینان نتایج نیز افزایش می‌یابد. افزودن اطلاعات بیرونی مانند پیش‌بینی ساختار ثانویه و یا پیش‌بینی قابلیت دسترسی حلال نیز روش دیگری است که احتمالاً عملکرد روش‌های هم‌ترازسازی چندگانه موجود را افزایش خواهد داد.